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A oncologia de precisão oferece um meio promissor de combinar os tratamentos mais apropriados e eficazes para pacientes com câncer individuais, mas a vasta quantidade de dados genômicos que requer significa que a abordagem apresenta seus desafios. Frank Schacherer e Beate Litzenburger, da Qiagen, discutem como o banco de dados COSMIC está aprimorando a descoberta de medicamentos contra o câncer e a promessa que mantém para a oncologia de precisão.

Quando se trata de pesquisa de drogas contra o câncer, o objetivo final é encontrar um tratamento que tenha alta eficácia e efeitos colaterais mínimos. A oncologia de precisão, que adapta as terapias às características moleculares de tumores individuais, surgiu como meio de combinar os tratamentos mais adequados e eficazes para pacientes com câncer individuais ou subconjuntos específicos de populações de tratamento mais amplas - mas a abordagem apresenta seus desafios.

A natureza heterogênea do câncer significa que traçar o perfil dos tumores e desenvolver terapias direcionadas para eles não é pouca coisa; para identificar as mutações genéticas que levam a cânceres específicos, os pesquisadores precisam acessar uma vasta quantidade de dados de mutação genética de alta qualidade. Quanto mais informações genômicas estiverem disponíveis, melhor chance os cientistas terão de identificar os genes de predisposição do câncer e caracterizar os muitos subtipos moleculares encontrados nos tumores - e é aqui que recursos como o banco de dados COSMIC são inestimáveis.

O banco de dados COSMIC (Catálogo de Mutações Somáticas em Câncer) do Wellcome Sanger Institute é o repositório digital mais extenso e abrangente do mundo de mutações somáticas em câncer. Os direitos de licenciamento e distribuição do recurso online, que curou 10 milhões de mutações até o momento, foram adquiridos pela empresa de apoio à pesquisa de ciências biológicas Qiagen no início deste ano.

O vice-presidente de produtos e soluções da Qiagen, Frank Schacherer, e o diretor global de produtos para oncologia Beate Litzenburger, discutem por que o banco de dados COSMIC atraiu a empresa e a promessa que ele representa para o futuro da medicina contra o câncer.

Darcy Jimenez: Como surgiu esse acordo com o Instituto Wellcome Sanger?

Frank Schacherer: Há um pouco de história de fundo; comercializamos com bastante sucesso vários outros ativos de conhecimento acadêmico antes, o mais conhecido deles é provavelmente o banco de dados HGMD , que é um banco de dados de mutações hereditárias. Acho que Sanger estava ciente de nosso histórico a esse respeito, e Sanger já havia começado a procurar uma maneira de garantir um financiamento sustentável para manter o recurso COSMIC.

Este é um desafio muito típico quando você inicia um projeto de pesquisa acadêmica; você precisa manter esses bancos de dados e precisa de financiamento contínuo para fazer toda a curadoria. Então, Sanger já havia começado nessa direção, e então eles perceberam que temos muito mais experiência e experiência neste campo, e eles poderiam se beneficiar trabalhando conosco para implementar isso.

DJ: Em termos gerais, você pode descrever as informações genéticas do câncer que o banco de dados COSMIC contém e como isso pode melhorar a descoberta de medicamentos em oncologia?

FS: COSMIC é o banco de dados líder em informações sobre mutações somáticas. O tipo de dados que o COSMIC contém é uma vasta coleção de mutações conhecidas de cânceres, incluindo anotações sobre essas mutações, como a frequência com que foram observadas, em quais cânceres foram observadas, estão associadas a certos tratamentos? Eles estão associados a certos resultados? E eu acho que o COSMIC é único por ser de longe a maior coleção dessas informações. Existem mais de 1.700 tipos de câncer que são cobertos lá - não há mais ninguém que cubra uma gama tão ampla. Eles têm mais de 37 milhões de mutações de codificação armazenadas no banco de dados e é um recurso muito amplo que permite a pesquisa e descoberta de biomarcadores, bem como fluxos de trabalho de testes clínicos.

Beate Litzenburger: Acho que um dos outros valores únicos é que não cobre apenas as mutações, mas também tudo o que está associado a uma amostra de tumor. O que ele permite que a indústria farmacêutica faça é coletar 1,5 milhão de amostras de tumor e, por ser um banco de dados padronizado, começar a desenvolver o que eles chamam de coortes virtuais, dividi-los em grupos de casos semelhantes e analisar as diferenças entre os diferentes grupos para determinar se há algo isso é muito, muito específico sobre um dos grupos - chamado de biomarcador ou uma assinatura específica. E isso permite que a indústria farmacêutica mergulhe ainda mais em algumas das especificidades do que potencialmente leva aos tumores e ao desenvolvimento do câncer.

DJ: Por que o banco de dados COSMIC atraiu a Qiagen? De que forma é valioso?

FS: Toda a nossa marca é construída em torno do conteúdo premium, de alta qualidade e com curadoria manual, que impulsiona nossas soluções. O COSMIC é o padrão ouro para mutações somáticas nesse aspecto - é um recurso de alta qualidade, com curadoria e manutenção manual. Há mais, eu acho, de 10.000 vezes que o banco de dados foi citado na literatura científica, há mais de 20.000 usuários acadêmicos do COSMIC, então é um padrão na área.

Na verdade, somos abordados com bastante frequência para comercializar software acadêmico ou produtos acadêmicos, mas eles precisam ter um nível de aceitação na comunidade para que valha a pena comercializá-los. E é isso que nos atraiu ao COSMIC, porque acreditamos que é um recurso único e amplamente aceite como padrão. Há uma vantagem em manter esse recurso para o benefício da comunidade de pesquisa e para garantir esse fluxo contínuo de financiamento para continuar a mantê-lo.

DJ: Até que ponto a Qiagen trabalhará com o instituto para desenvolver ainda mais o banco de dados COSMIC e seus recursos?

FS:O acordo fundamental é que o instituto Sanger está criando o banco de dados COSMIC e nós, como seu parceiro de comercialização, estamos distribuindo o banco de dados COSMIC para uso comercial. O banco de dados permanece livre para uso em pesquisa acadêmica, mas qualquer uso comercial - por exemplo, se você for um centro de testes acadêmicos, ou se estiver executando um serviço de testes para pacientes e assim por diante, esses tipos de aplicativos comerciais onde você está sendo pagos por isso - eles estão sendo licenciados por nós. Esse é o arranjo fundamental. No entanto, como você pode imaginar, também temos muita experiência em curar bancos de dados de manutenção de dados, então pode haver no futuro, colaborações estendidas nas quais trabalharemos juntos para melhorar ainda mais o banco de dados. Para usuários não acadêmicos e não pesquisadores, no momento, no entanto, a relação é puramente distribuir,

DJ: Qiagen tem um extenso portfólio de software e bancos de dados de interpretação de mutação genética hereditária e somática. Qual é a missão abrangente da empresa para esses produtos e como o banco de dados COSMIC se encaixa?

FS: A missão abrangente da Qiagen é possibilitar melhorias na vida. A missão, neste contexto mais amplo da informática, é democratizar o acesso ao conhecimento e às capacidades de análise bioinformática, tornando-os fáceis de usar e de integrar ao seu fluxo de trabalho. Temos ofertas que são realmente úteis para especialistas em bioinformática ou para cientistas de dados, mas o objetivo é capacitar os pesquisadores onde o foco não está apenas na disputa de dados, mas também no conteúdo científico, para capacitá-los a interagir diretamente com o dados.

DJ: Qual o potencial do banco de dados para o futuro da medicina de precisão em oncologia?

FS: Eu acredito que o COSMIC é um dos elementos fundamentais para qualquer tipo de esforço da medicina de precisão no câncer somático. Se você quer fazer medicina de precisão, precisa entender a mutação certa, o paciente certo, o tratamento certo, todas as coisas combinando. E o COSMIC tem muitos dados bem selecionados para tornar isso possível, então acho que é um dos elementos fundamentais no desenvolvimento de uma estratégia ou serviço de oferta de medicina de precisão.

DJ: O banco de dados COSMIC tem forte concorrência no mercado, em termos de conjuntos de dados que mostram as causas genéticas dos cânceres humanos?

FS: Em geral, eu diria que o COSMIC é um recurso único no escopo que possui. O COSMIC cobre uma ampla gama de informações, portanto, para elementos específicos disso, existem, é claro, outras ofertas. A medicina de precisão é um campo amplo, portanto, há muitas outras ofertas que cobrem parcialmente alguns deles - por exemplo, cBioPortal dá acesso a alguns tipos de câncer, ou existem bancos de dados especializados mais específicos sobre mutações. Mas não acho que haja nenhum recurso que realmente tenha a amplitude e a profundidade de conteúdo que o COSMIC tem, o que o torna atraente para nós.

BL: Eu acho que o COSMIC é de longe o maior banco de dados que caracteriza o câncer humano, e que permite aos pesquisadores capturar mais amplitude e profundidade de dados e fazer análises mais complexas. Outros bancos de dados usados ​​pela indústria farmacêutica simplesmente não são tão grandes e isso basicamente impede laboratórios ou empresas de criarem coortes maiores para fazer análises de amostra.

Portanto, você tem 1,5 milhão de amostras de câncer no COSMIC, em comparação com alguns dos outros bancos de dados, como o Atlas do Genoma do Câncer ou cBio, onde você tem apenas milhares de pontos de dados. E isso faz uma grande diferença para a indústria farmacêutica, que acabará por precisar de big data para chegar a conclusões. Então, sim, existem outros bancos de dados por aí, mas eles não correspondem à amplitude e profundidade do conteúdo do COSMIC - e isso, em última análise, leva a maiores insights sobre a genômica dos tumores.

DJ: Qiagen é o primeiro parceiro comercial do Wellcome Sanger Institute. Como você planeja implantar o banco de dados para novos clientes comerciais e como tem sido a resposta em suas primeiras discussões com clientes em potencial no setor farmacêutico e de biotecnologia?

FS:As respostas foram muito positivas; já tivemos muita tração com o envolvimento com nossa base de clientes. Acabamos de começar com isso e já houve vários negócios fechados. Basicamente, temos equipes de vendas especializadas que já estão conversando com essas empresas de biotecnologia e farmacêutica por causa de nossas outras ofertas - estamos presentes basicamente em todas as grandes empresas farmacêuticas e de biotecnologia do mundo com algumas de nossas ofertas - então é bastante fácil para eles incluir o COSMIC na conversa quando temos uma discussão sobre a renovação de nossos outros produtos e assim por diante. Temos uma abordagem de equipe de vendas especializada ativa, o que é muito importante para a COSMIC porque é um produto muito técnico. Temos uma equipe de cientistas de aplicação de campo muito forte; são cientistas que podem demonstrar casos de uso ou aplicações dos dados, ou responda a perguntas sobre como você poderia aproveitar o banco de dados para responder ao seu problema. Assim, eles podem trabalhar com os clientes farmacêuticos para analisar os casos de uso que o cliente pode ter e demonstrar como você pode usar o COSMIC para tratá-los.

Eu me sinto muito honrado que Sanger nos escolheu como seu parceiro de comercialização; como você disse, esta é a primeira vez que Sanger fez tal comercialização. E eu acho que é uma grande conquista para uma organização acadêmica como esta ter essa visão e vontade de explorar uma nova modalidade - e é uma grande honra que eles tenham visto um parceiro confiável em nós, que seria capaz de ser sua contraparte . Sanger tem uma excelente reputação a proteger, então eles não poderiam ter feito isso com qualquer parceiro.